مدرسة مدينة السلطان قابوس الخاصة مجهزة بأحدث المرافق التعليمية ومرافق الأنشطة المتنوعة بالمدرسة.
يوجد مختبران للعلوم بالمدرسة، مختبر لمادتي الأحياء والكيمياء ومختبر لمادة الفيزياء. كما يوجد مختبران للكمبيوتر (الحاسوب) و3 مكتبات، مكتبة لكتب اللغة العربية وأخرى لكتب اللغة الإنجليزية بالإضافة إلى غرقة مصادر التعلم التي تضم كتب منوعة.
والمدرسة مزودة بقاعة مسرح داخلية واسعة ومجهزة بالكامل (بالطابق الثاني) لتقام بها الفعاليات والندوات المختلفة خلال العام الدراسي بالإضافة إلى حفلات التخرج السنوية للصف الثاني عشر.
كما تحتوي المدرسة على غرفة للموسيقى بآلاتها المختلفة وغرفتين للرسم وملاعب خارجية للألعاب الرياضية مثل كرة القدم وكرة اليد وكرة السلة.
تم بناء القاعة الداخلية المتعددة الأغراض وملحقاتها الجاهزة للإستخدام الطلابي منذ يناير 2022 كقاعة ألعاب رياضية داخلية لكرة القدم وكرة اليد وكرة السلة وكرة الطائرة. كما تحتوي القاعة على مسرح لإقامة الفعاليات وغرفة للموسيقى ومختبر ستيم STEM مجهز بجميع الأدوات التي من شأنها تنمية مهارات الطلبة في المجالات المتعلقة بالثورة الصناعية الرابعة والذكاء الإصطناعي.